La electroforesis es una técnica para la separación de moléculas según la movilidad de éstas en un campo eléctrico.La separación puede realizarse sobre la superficie hidratada de un soporte sólido (p. ej., electroforesis en papel o en acetato de celulosa), a través de una matriz porosa (electroforesis en gel), o bien en disolución (electroforesis libre). Dependiendo de la técnica que se use, la separación obedece en distinta medida a la carga eléctrica de las moléculas y a su masa. La electroforesis se usa en una gran mayoría en la materia del ADN recombinante ya que nos permite saber la carga que poseen los polipéptidos, y separar los diferentes polipeptidos resultantes de las variaciones del experimento del ADN recombinante.La variante de uso más común para el análisis de mezclas de proteínas o de ácidos nucleicos utiliza como soporte un gel, habitualmente de agarosa o de poliacrilamida. Los ácidos nucleicos ya disponen de una carga eléctrica negativa, que los dirigirá al polo positivo, mientras que las proteínas se cargan al unirse con sustancias como el SDS (detergente) que incorpora cargas negativas de una manera dependiente de la masa molecular de la proteína. Al poner la mezcla de moléculas y aplicar un campo eléctrico, éstas se moverán y deberán ir pasando por la malla del gel (una red tridimensional de fibras cruzadas), por lo que las pequeñas se moverán mejor, más rápidamente. Así, las más pequeñas avanzarán más y las más grandes quedarán cerca del lugar de partida.

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Electrophoresis is the motion of dispersed particles relative to a fluid under the influence of a spatially uniform electric field. This electrokinetic phenomenon was observed for the first time in 1807 by Ferdinand Frederic Reuss (Moscow State University), who noticed that the application of a constant electric field caused clay particles dispersed in water to migrate. It is ultimately caused by the presence of a charged interface between the particle surface and the surrounding fluid. It is the basis for a number of analytical techniques used in chemistry for separating molecules by size, charge, or binding affinity. Electrophoresis of positively charged particles (cations) is called cataphoresis, while electrophoresis of negatively charged particles (anions) is called anaphoresis.Electrophoresis is a technique used in laboratories in order to separate macromolecules based on size. The technique applies a negative charge so proteins move towards a positive charge. This is used for both DNA and RNA analysis. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) has a clearer resolution than agarose and is more suitable for quantitative analysis. In this technique DNA foot-printing can identify how proteins bind to DNA. It can be used to separate proteins by size, density and purity. It can also be used for plasmid analysis, which develops our understanding of bacteria becoming resistant to antibiotics.

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