La endogamia es la producción de descendencia mediante el apareamiento o crianza de individuos u organismos que están estrechamente relacionados genéticamente. Por analogía, el término es utilizado también en reproducción humana, pero comúnmente se refiere a aquellos desórdenes genéticos y otras consecuencias que pueden surgir de relaciones sexuales incestuosas y consanguinidad. La endogamia resulta en homocigocidad, la cual puede aumentar las posibilidades de que la descendencia sea afectada por rasgos recesivos o deletéreos. Esto generalmente ocasiona una disminución de la aptitud biológica de una población (la capacidad de sobrevivir y reproducirse), lo cual se conoce como depresión endogámica). El individuo que hereda tales rasgos deletéreos es llamado endogámico. Para evitar la expresión de tales alelos recesivos deletéreos causados por la endogamia, se emplean mecanismos de evitación de endogamia, y es la motivación principal de la cruza externa. La endogamia entre las poblaciones a menudo también tiene efectos positivos en rasgos relacionados a la aptitud biológica. La endogamia es una técnica utilizada en cría selectiva. En la cría de ganado, los criadores pueden utilizarla cuando, por ejemplo, intentan establecer un rasgo nuevo y deseable en el ganado, pero se tendrá que vigilar características indeseables en la descendencia, las cuales entonces pueden ser eliminadas a través de la cruza selectiva con líneas más lejanas o culling. También suele usarse la endogamia para revelar rasgos recesivos deletéreos, los cuales pueden entonces ser eliminados mediante estrategias de cruza. En la cría de plantas, la cruza endogámica de líneas vegetales son utilizadas como estirpe para la creación de líneas híbridas y hacer uso de los efectos de heterosis. La endogamia en las plantas también ocurre naturalmente en forma de autopolinización.

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Inbreeding is the production of offspring from the mating or breeding of individuals or organisms that are closely related genetically. By analogy, the term is used in human reproduction, but more commonly refers to the genetic disorders and other consequences that may arise from incestuous sexual relationships and consanguinity. Inbreeding results in homozygosity, which can increase the chances of offspring being affected by recessive or deleterious traits. This generally leads to a decreased biological fitness of a population (called inbreeding depression), which is its ability to survive and reproduce. An individual who inherits such deleterious traits is referred to as inbred. The avoidance of expression of such deleterious recessive alleles caused by inbreeding, via inbreeding avoidance mechanisms, is the main selective reason for outcrossing. Crossbreeding between populations also often has positive effects on fitness-related traits. Inbreeding is a technique used in selective breeding. In livestock breeding, breeders may use inbreeding when, for example, trying to establish a new and desirable trait in the stock, but will need to watch for undesirable characteristics in offspring, which can then be eliminated through further selective breeding or culling. Inbreeding is used to reveal deleterious recessive alleles, which can then be eliminated through assortative breeding or through culling. In plant breeding, inbred lines are used as stocks for the creation of hybrid lines to make use of the effects of heterosis. Inbreeding in plants also occurs naturally in the form of self-pollination.

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