La filogenia es la relación de parentesco entre especies o taxones en general. Aunque el término también aparece en lingüística histórica para referirse a la clasificación de las lenguas humanas según su origen común, el término se utiliza principalmente en su sentido biológico. La filogenética es la parte de la biología evolutiva que se ocupa de determinar la filogenia, y consiste en el estudio de las relaciones evolutivas entre diferentes grupos de organismos a partir de la distribución de los caracteres primitivos y derivados en cada taxón, utilizando matrices de información de moléculas de ADN y de morfología. Con esta información se establecen los árboles filogenéticos, base de la clasificación filogenética. Esta clasificación forma parte de la sistemática, que además también comprende los sistemas de clasificación fenética y clásica o Linneana. La necesidad de descubrir la historia evolutiva de los organismos se inició con la publicación de El origen de las especies por Darwin en 1859. La incorporación de teorías evolutivas en los sistemas de clasificación de los organismos es un proceso que hoy en día aún no está terminado (de Queiroz y Gauthier 1992). Un paso crítico en este proceso fue la adquisición de métodos explícitos para hipotetizar relaciones filogenéticas, ponerlas a prueba y verlas reflejadas en las clasificaciones, métodos para los que biólogos como Willi Hennig (entomólogo alemán, 1913-1976), Walter Zimmermann (botánico alemán, 1892-1980), Warren H. Wagner, Jr. (botánico norteamericano, 1920-2000) y muchos otros han hecho valiosos aportes.

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In biology, phylogenetics /ˌfaɪloʊdʒəˈnɛtɪks, -lə-/ (Greek: φυλή, φῦλον - phylé, phylon = tribe, clan, race + γενετικός - genetikós = origin, source, birth) is the study of the evolutionary history and relationships among individuals or groups of organisms (e.g. species, or populations). These relationships are discovered through phylogenetic inference methods that evaluate observed heritable traits, such as DNA sequences or morphology under a model of evolution of these traits. The result of these analyses is a phylogeny (also known as a phylogenetic tree) – a diagrammatic hypothesis about the history of the evolutionary relationships of a group of organisms. The tips of a phylogenetic tree can be living organisms or fossils, and represent the "end," or the present, in an evolutionary lineage. Phylogenetic analyses have become central to understanding biodiversity, evolution, ecology, and genomes. Taxonomy is the classification, identification and naming of organisms. It is usually richly informed by phylogenetics, but remains a methodologically and logically distinct discipline. The degree to which taxonomies depend on phylogenies (or classification depends on evolutionary development) differs depending on the school of taxonomy: phenetics ignores phylogeny altogether, trying to represent the similarity between organisms instead; cladistics (phylogenetic systematics) tries to reproduce phylogeny in its classification without loss of information; evolutionary taxonomy tries to find a compromise between them.

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