La trepanación ha sido llevada a cabo tanto por razones médicas como místicas, y de su práctica tenemos indicios desde la era neolítica, pues se han descubierto cráneos trepanados. Se cree, por pinturas encontradas en cuevas, que el hombre neolítico creía que este tipo de cirugía podía curar ataques de epilepsia, migrañas y desórdenes mentales. Las prácticas místicas por lo general se debían a la creencia de que una cefalea u otras enfermedades ubicadas en la región anatómica correspondiente a cráneo se debían a demonios que debían ser expulsados del encéfalo haciendo un orificio en el cráneo. En la antigua Grecia, Hipócrates explicó el procedimiento para realizar una trepanación. Esta técnica consistía en sedar a la persona con hierbas o embriagándolo, le extirpaban la parte del hueso de la cabeza que estuviese en mal estado y le colocaban una placa de metal.Se desconoce si en realidad funcionaba pues en la actualidad no hay ningún texto que lo afirme. Esto también se practicó en la Cultura Paracas (Perú), donde al finalizar la operación se colocaba una lámina de oro para que se cerrara la herida. De la misma forma fue practicado por la civilización Inca con el propósito de eliminar fragmentos de huesos o armas, que quedaban incrustadas en el cráneo, tras accidentes o enfrentamientos bélicos. Como anestesia se usaba la coca y la chicha en grandes cantidades y se sabe que también conocieron el uso de vendas.

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Trepanning, also known as trepanation, trephination, trephining or making a burr hole (the verb trepan derives via Old French via Medieval Latin from the Greek noun of relevant meaning trypanon, literally "borer, auger") is a surgical intervention in which a hole is drilled or scraped into the human skull, exposing the dura mater to treat health problems related to intracranial diseases. It may also refer to any "burr" hole created through other body surfaces, including nail beds. It is often used to relieve pressure beneath a surface. A trephine is an instrument used for cutting out a round piece of skull bone. In ancient times, holes were drilled into a person who was behaving in what was considered an abnormal way to let out what they believed were evil spirits. Evidence of trepanation has been found in prehistoric human remains from Neolithic times onward. Cave paintings indicate that people believed the practice would cure epileptic seizures, migraines, and mental disorders. The bone that was trepanned was kept by the prehistoric people and may have been worn as a charm to keep evil spirits away. Evidence also suggests that trepanation was primitive emergency surgery after head wounds to remove shattered bits of bone from a fractured skull and clean out the blood that often pools under the skull after a blow to the head. Such injuries were typical for primitive weaponry such as slings and war clubs. There is some contemporary use of the term. In modern eye surgery, a trephine instrument is used in corneal transplant surgery. The procedure of drilling a hole through a fingernail or toenail is also known as trephination. It is performed by a physician or surgeon to relieve the pain associated with a subungual hematoma (blood under the nail); a small amount of blood is expressed through the hole and the pain associated with the pressure is partially alleviated.

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