La distribución de los seres vivos es el resultado de la evolución biológica y de la dispersión de las estirpes, de la evolución climática global y regional, y de la evolución de la distribución de tierras y mares, debida sobre todo a los avatares de la orogénesis y la tectónica de placas. La biogeografía es una ciencia histórica, es decir, que se ocupa del estudio de sistemas cuya evolución ha seguido una trayectoria única, que debe estudiarse en concreto, no pudiendo obtenerse su conocimiento deductivamente a partir de principios generales. En particular, los seres vivos presentes en una región no pueden deducirse de los factores geográficos, sino que deben ser examinados empíricamente. La superficie de la Tierra no es uniforme, no se dan las mismas condiciones en diferentes lugares. La primera distinción, y fundamental, es entre el medio acuático y el medio aéreo o terrestre. En ambos casos un primer factor fundamental es la disponibilidad de energía primaria, la que entra en el ecosistema por los productores primarios, que es generalmente luz solar. La distribución de este factor sigue un gradiente latitudinal, en el que la energía y la temperatura son máximas en las regiones ecuatoriales y disminuyen en dirección a las polares. Varía a la vez la estacionalidad, que se va haciendo más marcada cuanto más nos alejamos del ecuador. En ambientes terrestres el segundo gran factor es la distribución de las precipitaciones, o más bien del balance entre precipitaciones y evapotranspiración, con una franja intertropical y dos templadas caracterizadas por la máxima humedad. En los océanos el segundo gran factor es la distribución de nutrientes, muy desigual, con ecosistemas más productivos y diversos en aguas relativamente frías, pero abonadas por afloramientos de nutrientes desde el fondo. La biogeografía no estudia sólo la distribución de especies y taxones de categoría superior, sus áreas, de lo que se ocupa la especialidad llamada corología, sino también de la distribución de ecosistemas y biomas. Aunque la realidad es siempre compleja, la ciencia debe realizar operaciones de simplificación para hacerla accesible al estudio y, sobre todo, para lograr descripciones útiles. Para la biogeografía la tarea es definir áreas relativamente homogéneas y distintas de las circundantes, que estén caracterizadas por valores más o menos uniformes de los factores, y por una biota y unos ecosistemas igualmente homogéneos. Estas áreas, más o menos idealizadas, son susceptibles de ser presentadas cartográficamente. Por otra parte el estudio geográfico de la diversidad ambiental y ecológica debe contemplar las diferencias de escala; puesto que el área que en un mapa continental se presenta homogénea, por ejemplo como bosque mediterráneo, es en realidad a una escala inferior un mosaico de situaciones, con ambientes especiales como bosques de galería, en las orillas de los ríos, o saladares en cuencas endorreicas salinizadas; o diferencias debidas un relieve marcado, como la que hay entre solanas (en las laderas que miran al ecuador) y umbrías (en las opuestas). La biogeografía tiene que tener en cuenta, para la interpretación de su objeto de estudio, el factor humano. La humanidad ha alterado significativamente los ambientes terrestres, y ahora también los oceánicos, desde el Paleolítico Superior, desde el final del último período glacial. Ya antes de la actual explosión demográfica e industrial, era imposible encontrar en los continentes un sólo rincón que no guardara memoria de la alteración humana, si bien la conciencia de este hecho es reciente. Actualmente es ya muy pequeña la proporción de áreas que merezcan ser llamadas naturales, y lo que encontramos en su lugar son ambientes antropizados en diverso grado.

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Biogeography is the study of the distribution of species and ecosystems in geographic space and through (geological) time. Organisms and biological communities often vary in a regular fashion along geographic gradients of latitude, elevation, isolation and habitat area. Phytogeography is the branch of biogeography that studies the distribution of plants. Zoogeography is the branch that studies distribution of animals. Knowledge of spatial variation in the numbers and types of organisms is as vital to us today as it was to our early human ancestors, as we adapt to heterogeneous but geographically predictable environments. Biogeography is an integrative field of inquiry that unites concepts and information from ecology, evolutionary biology, geology, and physical geography. Modern biogeographic research combines information and ideas from many fields, from the physiological and ecological constraints on organismal dispersal to geological and climatological phenomena operating at global spatial scales and evolutionary time frames. The short-term interactions within a habitat and species of organisms describe the ecological application of biogeography. Historical biogeography describes the long-term, evolutionary periods of time for broader classifications of organisms. Early scientists, beginning with Carl Linnaeus, contributed theories to the contributions of the development of biogeography as a science. Beginning in the mid-18th century, Europeans explored the world and discovered the biodiversity of life. Linnaeus initiated the ways to classify organisms through his exploration of undiscovered territories. The scientific theory of biogeography grows out of the work of Alexander von Humboldt (1769–1859), Hewett Cottrell Watson (1804–1881), Alphonse de Candolle (1806–1893), Alfred Russel Wallace (1823–1913), Philip Lutley Sclater (1829–1913) and other biologists and explorers.

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