En biogeografía, una especie nativa, especie indígena o autóctona es una especie que pertenece a una región o ecosistema determinados. Su presencia en esa región es el resultado de fenómenos naturales sin intervención humana. Todos los organismos naturales, en contraste con organismos domesticados, tienen su área de distribución dentro de la cual se consideran nativos. Fuera de esa región si son llevadas por los humanos se las considera especies introducidas. Por ejemplo la hormiga argentina Linepithema humile es una especie nativa de Argentina, Uruguay, Paraguay y sur de Brasil. Fue llevada accidentalmente a otros lugares del mundo, incluyendo África, Europa, Australia, Nueva Zelanda, Japón y Norteamérica, donde se ha establecido como especie introducida. Una especie nativa no es necesariamente endémica. En biología y ecología endémico quiere decir nativo exclusivamente de una biota específica. Una especie indígena puede ocurrir en más de un local. Por ejemplo dos especies de grullas africanas, la Anthropoides paradisea o grulla del paraíso es nativa y endémica del sur de África, mientras que la grulla Bugeranus carunculatus o grulla carunculada es nativa del sur y norte de África. La última tiene una distribución más amplia, por consiguiente no es considerada endémica. Tampoco quiere decir que se originó en ese lugar. Las especies pueden trasladarse o ser trasladadas a otros locales donde se establecen en el curso de su historia evolutiva. El conjunto de especies nativas constituyen la flora y fauna autóctonas. Están bien adaptadas entre sí y forman un ecosistema. Cuando las especies nativas son destruidas u otras especies son introducidas ese equilibrio se altera y el ecosistema puede llegar a degradarse hasta el punto que no pueda restablecerse por sí mismo. En ciertos casos se realizan esfuerzos para restaurar la vegetación y fauna de lugares degradados, lo cual requiere planeamiento cuidadoso. Ciertas especies no pueden restablecerse a menos que ya estén presentes otras, es decir que es necesario seguir un proceso de sucesión empezando por plantar especies pioneras, seguidas por especies secundarias y terminando con las de climax.

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In biogeography, a species is defined as indigenous to a given region or ecosystem if its presence in that region is the result of only natural process, with no human intervention. The term is equivalent to "native" in less scientific usage. Every natural organism (as opposed to a domesticated organism) has its own natural range of distribution in which it is regarded as indigenous. Outside this native range, a species may be introduced by human activity; it is then referred to as an introduced species within the regions where it was anthropogenically introduced. An indigenous species is not necessarily endemic. In biology and ecology, endemic means exclusively native to the biota of a specific place. An indigenous species may occur in areas other than the one under consideration. The terms "endemic" and "indigenous" do not imply that an organism necessarily originated or evolved where it is found.

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