Un enzima de restricción (o endonucleasa de restricción) es aquella que puede reconocer una secuencia característica de nucleótidos dentro de una molécula de ADN y cortar el ADN en ese punto en concreto, llamado sitio o diana de restricción, o en un sitio no muy lejano a este. Los sitios de restricción cuentan con entre 4 y 6 pares de bases, con las que son reconocidos. El mecanismo del corte de ADN se realiza a través de la ruptura de dos enlaces fosfodiéster en la doble hebra, lo que da lugar a dos extremos de DNA. Éstos pueden ser romos (cuando los enlaces rotos coinciden) o cohesivos/escalonados. Estos últimos tienen tendencia a volver a unirse de modo espontáneo, ya que los extremos se pueden unir a otros extremos coincidentes que pueda haber en la cercanía (Apareamiento de Watson & Crick). Los fragmentos de ADN obtenidos de este modo pueden unirse por otras enzimas llamadas ligasas. Las enzimas de restricción que a pesar de ser distintas y provenir de distintas especies, tienen la misma secuencia de reconocimiento y dejan el mismo extremo cohesivo, pero no cortan en el mismo sitio, son llamadas isoesquizómeros. Por ejemplo, están los isoesquizómeros Asp718 y KpnI. El Premio Nobel de Medicina de 1978 fue concedido a los microbiólogos Werner Arber, Daniel Nathans y Hamilton Smith por el descubrimiento de las endonucleasas de restricción lo que condujo al desarrollo de la tecnología de ADN recombinante. El primer uso práctico de su trabajo fue la manipulación de la bacteria E. coli para producir insulina humana para los diabéticos. Uno de los campos en los que las enzimas de restricción han tenido mayor implicación ha sido el diagnóstico de enfermedades genéticas relacionadas con cambios en la secuencia del ADN, ya sean mutaciones puntuales, inserciones o deleciones de fragmentos. Si éstas se producen en un sitio de reconocimiento de la enzima de restricción, al producirse eliminarán o agregarán nuevos sitios de corte. Al aplicar esta enzima al gen de una persona sana y una enferma se deberían observar distintas cantidades de fragmentos para cada caso en una electroforesis.

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A restriction enzyme or restriction endonuclease is an enzyme that cuts DNA at or near specific recognition nucleotide sequences known as restriction sites. Restriction enzymes are commonly classified into three types, which differ in their structure and whether they cut their DNA substrate at their recognition site, or if the recognition and cleavage sites are separate from one another. To cut DNA, all restriction enzymes make two incisions, once through each sugar-phosphate backbone (i.e. each strand) of the DNA double helix. These enzymes are found in bacteria and archaea and provide a defense mechanism against invading viruses. Inside a prokaryote, the restriction enzymes selectively cut up foreign DNA in a process called restriction; meanwhile, host DNA is protected by a modification enzyme (a methyltransferase) that modifies the prokaryotic DNA and blocks cleavage. Together, these two processes form the restriction modification system. Over 3000 restriction enzymes have been studied in detail, and more than 600 of these are available commercially. These enzymes are routinely used for DNA modification in laboratories, and are a vital tool in molecular cloning.

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