La taxonomía (del griego ταξις, taxis, "ordenamiento", y νομος, nomos, "norma" o "regla") es, en su sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente, se emplea el término para designar específicamente a la taxonomía biológica, la "teoría y práctica de clasificar organismos". Como se la entiende en la actualidad la clasificación biológica tiene que ser congruente con el árbol filogenético siempre que se disponga de éste, en ella, los organismos se agrupan en taxones mutuamente excluyentes a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que todos los organismos pertenecen a uno y sólo un taxón de cada rango o "categoría taxonómica". En cada taxón de cada categoría, los organismos poseen caracteres (singular carácter) cuyos estados del carácter los diferencian de los organismos fuera del taxón, y son los que en conjunto se utilizan para delimitar los taxones. La mayoría de los especialistas ve a las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer esos linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias entre autores en su conceptualización y por lo tanto en los límites taxonómicos de cada una, suele ser considerada la categoría taxonómica más importante en la clasificación. Los taxones supraespecíficos son los que agrupan especies y se jerarquizan en categorías taxonómicas de rango cada vez más alto: género (grupo de especies), familia, etc. hasta el reino. En esta área también está debatido el concepto de taxón a utilizar. Muchos especialistas afirman que sólo la "filosofía taxonómica" para agrupar los organismos en taxones de la escuela cladista logra que la clasificación ofrezca el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología, pero la escuela evolucionista tiene razones para delimitar con otros conceptos los taxones; y las dos se atribuyen la creación de sistemas de clasificación que cumplen en mayor medida sus funciones de sistemas de almacenamiento y recuperación de datos, y de predictores del estado de los caracteres y las direcciones de la evolución que no se han medido. La taxonomía también se ocupa de debatir y actualizar los códigos de nomenclatura, que definen el sistema taxonómico a utilizar -el recién descripto es el "sistema linneano"-, reglamentan la formación y uso de los nombres de los taxones y cuidan que todos ellos se atengan a los principios de nomenclatura, con el objetivo de proveer la máxima estabilidad en la nomenclatura. Los Códigos no evitan las "diferencias filosóficas" entre taxónomos en los conceptos taxonómicos a utilizar ni en la categoría especie ni en las categorías supraespecíficas que son una fuente de inestabilidad frecuente en los nombres de los taxones. La taxonomía biológica se aborda aquí como una subdisciplina de la biología sistemática, que además tiene como objetivo la reconstrucción de la filogenia, o historia evolutiva, de la vida. Como aquí comprendida la Taxonomía abarca la decisión de qué sistema taxonómico utilizar, la de qué conceptos taxonómicos asociar a esos taxones, su Nomenclatura formal, y también las herramientas para la Determinación o identificación de especímenes. Teniendo en cuenta que sólo el 10% de las especies del planeta está descripto, que esas descripciones son hipótesis con diferentes grados de resolución, y que las especies evolucionan (cambian con el tiempo en términos de sus caracteres)) y cambia su distribución, la determinación funciona recursivamente con la descripción y delimitación de especies en el área llamada alfa-taxonomía o taxonomía descriptiva, o deslindándola de la definición mínima de taxonomía que se maneja desde hace muchas décadas, y debido a cómo se intergradan en esa categoría taxonómica, la sistemática descriptiva o ciencia de la biodiversidad, la que se ocupa del descubrimiento, la identificación, la descripción, la clasificación y la catalogación de la biodiversidad del planeta, utilizando el organismo como unidad de trabajo y cuya prioridad es la descripción de todas las especies dentro de un contexto evolutivo. La historia de la taxonomía ha sido largamente recorrida por éstos y otros interrogantes y a lo largo de ella fueron formándose el sistema de clasificación y las reglas que nos han quedado como legado. La nueva crisis de biodiversidad, los avances en el análisis del ADN, y la posibilidad de intercambiar información a través de internet, han revitalizado a esta ciencia en el ambiente científico desde las décadas de 1990-2000, y han generado un debate acerca de la necesidad de hacer reformas sustanciales a los Códigos. Algunas de estas propuestas son el "BioCode", el "PhyloCode", el agregado de atributos al tipo nomenclatural como podrían ser los nuevos "marcadores de ADN" (ADN barcodes), y las relacionadas con la informatización de los datos y la utilización formal de Internet.

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(This article is about the field of biology. For the practice of stuffing and mounting animals, see Taxidermy.)("Scientific classification" redirects here. For other uses, see Scientific classification (disambiguation).)\nTaxonomy (from Ancient Greek: τάξις taxis, "arrangement", and -νομία -nomia, "method") is the science of defining groups of biological organisms on the basis of shared characteristics and giving names to those groups. Organisms are grouped together into taxa (singular: taxon) and these groups are given a taxonomic rank; groups of a given rank can be aggregated to form a super group of lower rank, thus creating a taxonomic hierarchy. The Swedish botanist Carl Linnaeus is regarded as the father of taxonomy, as he developed a system known as Linnaean classification for categorization of organisms and binomial nomenclature for naming organisms. With the advent of such fields of study as phylogenetics, cladistics, and systematics, the Linnaean system has progressed to a system of modern biological classification based on the evolutionary relationships between organisms, both living and extinct. An example of a modern classification is the one published in 2009 by the Angiosperm Phylogeny Group for all living flowering plant families (the APG III system).

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