Un metabolito es cualquier molécula utilizada, capaz o producida durante el metabolismo. Así, dada la ruta metabólica: A → B → C → D → E A, B, C, D, E son los metabolitos; el primer metabolito de la ruta (A) suele denominarse sustrato, el último (E) producto y el resto (B, C, D) metabolitos intermediarios. Si se toma como ejemplo la fermentación láctica, una de las rutas metabólicas evolutivamente más antiguas, la glucosa es el primer metabolito (sustrato), el punto de partida de una serie de reacciones que conducirá hasta el lactato, el último metabolito o producto final; entre la glucosa y el lactato hay 10 metabolitos intermediarios. El sustrato inicial se toma del medio o de las reservas de la célula y debe suministrarse continuamente para que la ruta se lleve a cabo; el producto final se acumula en la célula y debe expulsarse como producto de excreción; los metabolitos intermediarios se hallan usualmente en concentraciones muy bajas, dado que en cuanto se producen son transformados en el siguiente. Dado que las reacciones metabólicas son catalizadas por enzimas y éstas están determinadas genéticamente, cualquier alteración del ADN supondrá una disfunción del enzima, un bloqueo de la ruta metabólica y la acumulación de un metabolito intermediario en la célula. A → B → C → // En este caso la disfunción del enzima que cataliza el paso de C a D origina la acumulación del metabolito C en la célula (y la no producción de E), lo que puede originar trastornos en los individuos, conocidos genéricamente como enfermedades metabólicas (que, además, son hereditarias).

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Metabolites are the intermediates and products of metabolism. The term metabolite is usually restricted to small molecules. Metabolites have various functions, including fuel, structure, signaling, stimulatory and inhibitory effects on enzymes, catalytic activity of their own (usually as a cofactor to an enzyme), defense, and interactions with other organisms (e.g. pigments, odorants, and pheromones). A primary metabolite is directly involved in normal "growth", development, and reproduction. Ethylene is an example of a primary metabolite produced in large-scale by industrial microbiology. A secondary metabolite is not directly involved in those processes, but usually has an important ecological function. Examples include antibiotics and pigments such as resins and terpenes etc. Some antibiotics use primary metabolites as precursors, such as actinomycin which is created from the primary metabolite, tryptophan. Some sugars that are metabolites; example: fructose or glucose in the metabolic pathways. Examples of primary metabolites produced by industrial microbiology: The metabolome forms a large network of metabolic reactions, where outputs from one enzymatic chemical reaction are inputs to other chemical reactions. Metabolites from chemical compounds, whether inherent or pharmaceutical, are formed as part of the natural biochemical process of degrading and eliminating the compounds. The rate of degradation of a compound is an important determinant of the duration and intensity of its action. Profiling metabolites of pharmaceutical compounds, drug metabolism, is an important part of drug discovery, leading to an understanding of any undesirable side effects.

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